Vuonna 2004 hänestä tuli avaruusjoukkojen komentaja, vuonna 2008 hänet nimitettiin Venäjän federaation asevoimien puolustusvoimien päälliköksi, 21. kesäkuuta 2010 - 29. huhtikuuta 2011 hän toimi Venäjän federaation ensimmäisenä apulaispuolustusministerinä. 29. huhtikuuta 2011 - 10. lokakuuta 2013 - Roscosmosin johtaja.
Vladimir Popovkin kuoli. Roscosmosin entinen johtaja kuoli 58-vuotiaana. Liittovaltion avaruusjärjestö ilmoitti, että hän kuoli sairauteen.
Vladimir Popovkin johti Roskosmosta vuonna 2011, josta hän tuli varapuolustusministerin viralta. Elokuussa 2013 pääministeri Dmitri Medvedev nuhteli häntä virheellisestä tehtävien suorittamisesta. Syy Medvedevin tyytymättömyyteen oli Proton-M-raketin onnettomuus, joka putosi ensimmäisen minuutin kuluttua laukaisusta Baikonurin kosmodromista. Raketin piti laukaista GLONASS-satelliitteja avaruuteen.
Vladimir Popovkin lakkasi johtamasta Roskosmosia lokakuussa 2013, ja hänen tilalleen tuli Venäjän federaation entinen varapuolustusministeri Oleg Ostapenko. Henkilöstömuutoksia aiheutti raketti- ja avaruusteollisuuden rakennemuutos.
Interfax, viitaten Roscosmosin lehdistöpalveluun, raportoi, että maaliskuussa 2012 Popovkinin terveys heikkeni, hän joutui sairaalaan Burdenkon sotasairaalaan. Lääkäreiden mukaan pitkäaikainen fyysinen ja emotionaalinen ylikuormitus, jonka aiheuttivat muun muassa tiheät työmatkat ja aikavyöhykkeiden vaihtelut, vaikutti.
Minulla oli tilaisuus palvella tämän miehen alaisuudessa. Isot kirjaimet, ei kirjoitusvirheitä. Mitä tahansa he sanovatkin, hän oli syvästi kunnollinen, melko kohtelias ja älykäs henkilö asemastaan ja arvostaan huolimatta. Henkilö, joka on syvästi huolissaan silloisten avaruusjoukkojen koko infrastruktuurin tilasta ja myöhemmin - koko avaruudessamme, niin sotilas- kuin siviilikäytössäkin.
Siunattu muisto sinulle, Vladimir Aleksandrovich!