Neuvostoliiton sisäministerin 3. maaliskuuta 1978 antaman määräyksen perusteella luotiin Venäjän sisäministeriön sisäisten joukkojen laivastoyksiköt osaksi sotilasyksikköjä viestintäyhteyksien suojaamiseksi Baikal-Amurilla. Päärata sekä Trans-Baikalin ja Kaukoidän rautatiet.Alkaen muutamasta pienestä yksiköstä, jotka vartioivat rautatieliikennettä Kaukoidässä, nykyään ne ovat kasvaneet merivoimien osastoiksi ja partioveneosastoiksi.
”Tänä päivänä laivaston sotilasyksiköitä ja alayksiköitä on kaikissa aluekomentoissa, joissa palvelee yli puolitoista tuhatta ihmistä, mukaan lukien laiva- ja sukellusasiantuntijat. Pelkästään kuluneen vuoden aikana suorittaessaan palvelu- ja taistelutehtäviä tärkeiden valtion laitosten vesialueiden suojelemiseksi he pidättivät 220 loukkaajaa, 72 vesikulkuneuvoa, pelastivat kaksi ihmistä ”, sanoi osavaltion merenkulkuosaston päällikkö kapteeni 1. luokka Andrey Andreev. Venäjän sisäministeriön ilmavoimien komitea.
Vuonna 2012 suunnitelluissa ratsiooperaatioissa arvokkailla luonnonvaroilla sijaitsevilla vesialueilla lainvalvontaviranomaisten laivastoyksiköt pidättivät yli 600 rikkojien venettä, takavarikoivat yli tuhat laitonta pyydystä, 5 yksikköä kylmää. aseet, 7 kiloa räjähteitä, yli 1,8 tuhatta kappaletta. eri kaliiperin ammukset.
Viime vuosina on kiinnitetty paljon huomiota meriyksiköiden tekniseen varustukseen. Pelkästään viime vuonna joukot saivat 18 yksikköä laivavarusteita eri tarkoituksiin, 75 sarjaa sukellusvarusteita sekä välineitä pinta- ja vedenalaisen tilanteen seurantaan.